オートファジーデータベースウェブサイトのトップページです。
オートファジーの簡単な説明とターゲットタンパク研究プログラムにおける位置づけについて記載しています。

オートファジーデータベースの概要や統計情報のページです。
現在は収集したオートファジー関連タンパク質の各ランクの数を示しています。
ランクについては5. Homologsを御参照下さい。
その他統計的なデータをこちらに載せていく予定です。

最新のオートファジー関連の論文のタイトル、著者、概要等を表示しています。トップページには本日から24時間以内にPubMedに登録された論文が表示されます。
論文タイトルからはPubMedにリンクしています。
「previous day」「following day」のリンクから前日、後日の論文リストを閲覧する事も可能です。ただし仕様上、基準がアメリカ東海岸標準時になっている為、実際の日時と少しずれる事があります。
今後論文簡易評価機能、ダウンロード機能等の構築を予定しています。

生物種毎にオートファジー関連タンパク質のリストを見ることが出来ます。
リストに表示される項目は遺伝子名、NCBIアクセッション、アノテーション等でチェックボックスで選択する事が出来ます。
「SYMBOL」のリンクからタンパク質の詳細な情報を見ることが出来ます。
その他の項目からは各々の属する元のデータベースにリンクしています。
CASA dbの項目ではターゲットタンパク研究プログラムの網羅的タンパク質配列データベース（CASA db）に対してキーワード検索を行います。

･ PDB構造情報

PDBに立体構造が登録されている場合は、PDBのIDが表示されます。
またその構造がターゲットタンパク研究プログラムで決定された構造である場合、PDB IDの左側にターゲットタンパク研究プログラムのロゴが表示されます。

･ 細胞内局在予測

WoLF PSORTを用いた細胞内局在予測の結果を表示しています。

･ 相互作用タンパク質情報(Interaction)

- ヒトのタンパク質リストを閲覧中の場合

「PPI」ボタンをクリックすると該当タンパク質と相互作用するタンパク質のリストがサブウィンドウに表示されます。
相互作用タンパク質のヒト以外の生物種のオルソログを検索する事が出来ます。オルソログを検索したい生物種を選び、各タンパク質のリストの「BLAST search」ボタンを押すと、検索結果がサブウィンドウに表示されます。
検索は閾値（E-value)を1e-10とし、SEGフィルターを有効にしてBLASTPで行われます。

- ヒト以外の生物種タンパク質リストを閲覧中の場合

「Search PPI」ボタンをクリックすると該当タンパク質のヒトにおけるオルソログと相互作用するヒトのタンパク質のリストがサブウィンドウに表示されます。
相互作用するヒトタンパク質の、他生物種のオルソログを検索する事が出来ます。オルソログを検索したい生物種を選び、各タンパク質のリストの「BLAST search」ボタンを押すと検索結果がサブウィンドウに表示されます。
検索は閾値（E-value)を1e-10とし、SEGフィルターを有効にしてBLASTPで行われます。

･ 天然変性領域情報、立体構造情報

「Predicted disordered regions」の項目では予測された天然変性領域を示しています。予測は97%以上の精度でタンパク質の全領域を構造領域と天然領域に二分するDICHOT法(Fukuchi et al. 2009, BMC Struct Biol. 9:26)のものです。
「Show DICHOT result」ボタンをクリックすると詳細なDICHOTの解析結果を見る事が出来ます。立体構造領域と予測されるが、既存の立体構造とアミノ酸配列の相同性が認められない領域は、新奇構造領域として表示されます。

オートファジー関連タンパク質の複数生物種間のオルソログ・ホモログのリストを見ることが出来ます。
リスト中の遺伝子名の文字色はそれぞれのランクを表しています。
ランクにつきましては暫定ではありますが以下の3段階に分類しております。

1	reviewed	先生方から頂いたリストやオートファジーの雑誌、レビュー等から抜粋したタンパク質
2	orthologous	オルソログ探索を行った論文から抜粋したタンパク質
3	homologous	配列による相同性検索の結果、ホモログの可能性があるタンパク質 ただしアノテーションがついていないタンパク質は灰色で表示されています。

ホモログ検索はデータベースとしてGTOP (Genomes TO Protein structures and functions)に収録されている生物種毎のタンパク質配列を用い、既存のreviewed/orthologousタンパク質配列をクエリとしてpsi-blastを行いました。
psi-blast解析は繰り返し3回、閾値1e-1という緩い条件で検索しましたが、この条件ではヒットするタンパクの数が非常に多くなってしまうため、閾値を変えてフィルタリングした結果を検討し、現在は1e-100以下という比較的厳しい条件でヒットしたタンパク質をリストに表示しています。
Protein Listと同様にSYMBOL名から個々のタンパク質の詳細な情報にリンクしています。

オートファジー関連タンパク質データベースに対してキーワードによる検索を行う事が出来ます。
検索対象は６のタンパク情報詳細表示から閲覧することが出来る項目全体になります。
複数の単語を入力した際にはAND検索になります。

1) 完全一致検索

デフォルトでは入力したキーワードに対して前後方一致検索を行いますが、「Exact match search to gene/protein name」オプションにチェックを入れた場合、遺伝子・タンパク質名に対する完全一致検索を行います。 例えば、BECN1をキーワードとした場合、デフォルト設定ではBECN1の他にBECN1L1も検索されますが、完全一致検索を選ぶとBECN1に限定して検索されます。

2) 生物種選択オプション

「Filter by organism」ボタンをクリックすると生物種選択オプションが開きます。選択した生物種の遺伝子・タンパク質情報に対してのみキーワード検索を行う事が可能です。
生物種は複数選択できます。

アミノ酸配列をクエリとしたBLASTによる相同性検索を行う事が出来ます。
検索対象はオートファジーデータベースに収納されている全タンパク質のアミノ酸配列になります。
相同性検索は閾値（E-value)を1e-10とし、SEGフィルターを有効にしています。

1) 生物種選択オプション

「Filter by organism」ボタンをクリックすると生物種選択オプションが開きます。選択した生物種の遺伝子・タンパク質情報に対してのみキーワード検索を行う事が可能です。
生物種は複数選択できます。

ホスファチジル・イノシトール3リン酸(PI3P)に結合する可能性の高いタンパク質のリストを示しています。
FYVEドメインを持つタンパク質すべてと、PXドメインを持つタンパク質中、PI3Pに特異的に結合すると予測されるものを選択して示しています。
新たな解析結果を順次掲載して行く予定です。

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ターゲットタンパク研究プログラムの公開サイトにリンクしています。

タンパク質名、遺伝子名、遺伝子とタンパク質、GO、論文等との対応の情報の取得元と致しましてはNCBIのEntrez geneのデータ、UniProtデータ、GTOPデータ等を使用しています。
Firefox3系に最適化しておりますので、特にIEでの閲覧において一部お見苦しい部分があるかもしれません（今後修正して参ります）。
当データベースを利用した研究の成果を発表される場合は、拙著を引用して頂けますと幸いです:
Homma, K., Suzuki, K., and Sugawara, H. 2011, Nucleic Acids Res. 39(Database issue): D986-990.